愚問ですみません - 質問相談見積もり

現在、司法書士に限らず法律関係の資格者の報酬規定は廃止され、全くの自由ということになりました。従って、報酬額は当事者の契約によって定まります。事案によってはその場にならなければ詳細が判明しない場合もあります。この場合は、報酬基準を示すことになります。
本人確認にどの程度の確認をされ、どの程度の資料を収集すべきは、不動産登記法が求める最低限でよいのか、司法書士の個々の判断によります。本人確認される側とすれば、間違いなく本人ということですので、最低限でよいと思われるでしょうが、確認する司法書士はそうとはなりません、危険負担を伴うことになります。初めてそこで会う場合には特に危険が増します。質問者の本人確認がどのような場合であるか不明ですので、絶対額の５万円というだけでは、「高い・安い」判断は困難と考えます。
改正前の不動産登記法では、保証書制度がありましたが、権利書に代わるものとして、作成した保証書がその後も一定の範囲で使えました。この当時は保証書作成は司法書士以外の方が保証してもよかったのですが、司法書士が作成する場合は、報酬は個々でした。１０万円程度一般的だったと思います。
いずれにせよ、本人確認してそれが誤りであれば、司法書士は民事上の損害賠償や行政上の資格の業務停止等を生ずる怖れがありますので、確認資料の判断等に慎重を帰すことが求められます。目の前の作業だけが本人確認の全てではありません。権利取得の経緯や時期、当時の住所の確認等を事前に行ってご本人に失礼が無いようにしながらそれとなく会話の中で確認していることもあります。
銀行のガイドラインについては不勉強でわかりません。
因みに、日本の民法のもとになっている、フランスでは、不動産関係の契約時に、公証人であるノテウが本人確認をする場合、その業務は厳格を極めているようです。権利書は大事なものですので、なくさないようにすることが何よりも大事です。これからは、登記識別情報がその機能を一部担うことになりましたので、同様に管理を厳格にされ、登記の際に費用が発生しないようにすることが費用の面からも安全性の面からも大切です。

補足します。

ローンの額が関係するのは、本人確認をしたのに別人だった場合に責任をとることになるので、そのリスクを考慮して金額が上下するのはおかしいことではないと思います。

今回の件は不当に高かったことが問題ではなくて、
事前の説明と違うことが問題なんだと思います。
報酬が不当でないことは、誤った説明をしたことの言い訳にはならないですからね。